微生物肥料是指含有活微生物的特定制品，将它应用到农业生产中，能够获得特定的肥料供应。

微生物肥料可以概括为三大类：一类是通过微生物的生命活动，增加植物营养元素的供应量，导致植物营养状况的改善，从而提高农产品的产量和质量。微生物的生命在土壤中和有害微生物相互拮抗，还能产生抗病、防病乃至治虫的作用。这一类有代表性的产品有根瘤菌、固氮菌、解磷菌和硅酸盐菌（钾菌）。它们大都能活化土壤，用量多在2公斤左右。另一类是微生物的代谢物质，在工业培养中收集的是微生物的络合物，如氨基酸、黄植酸等，将它和矿质微量元素加以配合，制成液态或固态的商品，达到刺激作物生长或抵御病虫害的作用。每亩地用量100克左右。再一类是借助微生物分解有机质的功能，例如用酵素菌，加速农家肥或秸秆的腐烂，达到增加土壤腐殖质的作用。

微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。但以拌种最为简便经济、有效。其拌种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状或液体菌剂加清水稀释，然后与种子充分搅拌，稍晾干后播种，并立即覆土。有的菌肥也可以和化肥同时拌用作底肥。

微生物肥料是生物活性肥料，因此有特定的施用要求。一是避免开袋后长期不用。开袋后长期不用，其他细菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。二是避免在高温干旱条件下使用。在高温干旱条件下使用微生物肥料，它的生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。三是避免与未腐熟的农家肥混用。这类肥料与未腐熟的有机肥堆沤或混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。同时也要注意避免与过酸过碱的肥料混合使用。四是避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。