作为一种高投入的节水灌溉技术，深埋式渗灌与地表常压或地表加压式滴灌相比，有着无可比拟的优点。但在具体操作中，应注意以下几个问题，以确保正常生产。
　　一、管道埋设深度要合适。深埋式渗灌的深度是安全生产、确保作物正常生长的基础。在安装到位，保证毛、干支管畅通的前提下，充分考虑深埋式渗灌多年使用的特点，要合理考虑渗灌管道的埋深。过深会影响渗灌效果，过浅则会在犁地时损坏毛管牗渗灌管牘。因此，毛管最适宜的埋深应在犁底层下5至8厘米。
　　二、深埋式渗灌田地要采用适度翻耕及免耕技术。由于渗灌管道埋于地下，深翻时，因地面的高低不平及土壤的虚实不同，易犁断毛管，所以不仅要减少深翻次数，而且要保证适度深翻，尽量少犁、浅犁以及采用复式作业技术。
　　三、对深埋式渗灌的地块，要做到适时秋翻冬灌，并施足肥料，以确保改善土壤结构和成分，并提高耕层的持水量。
　　四、由于深埋式渗灌的渗水层低，表层土壤墒情不易控制，而种子出苗则完全依靠表层土壤水分，所以必须适墒播种。