随着云南省花卉产业的迅猛发展，月季、康乃馨、非洲菊三大切花种苗业迎来了高速发展期，数量上升，品质提高，行情稳定。然而，在这喜人形势的背后不难发现，产业仍然存在一些问题，距离产业化还有一段路要走。
　　一、种源欠缺每年，云南种苗企业从国外引进和自育的各种花卉新品种近百个，但新品种进入产地后需要2至3年的时间才大面积推广，所以种植面积最大的还是老品种，不少品种依旧是七八年前引进的。目前用于生产种苗的母株（种源），因其代数较多，制约着种苗品质的进一步提升。
　　二、品质不稳定云南的种苗生产大多尚未形成成熟的生产技术体系，还处于摸索提高阶段，生产技术水平与国外的差距较大，种苗品质还不稳定。从事近20年组培工作的金科艺公司总经理刘家迅认为，掌握种苗生产中常用的无性繁殖技术（组织培养）并不难，但是要把此项技术做精、做深就不容易了。种苗生产中一旦遇到病菌感染、人员流动、温湿度波动等易发生的“突变”因素，要是不掌握过硬的技术就会无法灵活应对，导致种苗质量不稳定。生产优质种苗，一要有优良的种源；二要有稳定、扎实的生产技术体系；三要有优良的组培“处方”。目前，具备以上三个条件的种苗生产商仅有三五家。
　　三、产业化程度低云南尚未成长起一批规模大、技术过硬的集团化专业种苗生产企业。“小作坊式”种苗生产户虽然明显减少，但缺乏专业化程度较高、年产量超过3000万株的企业。以生产非洲菊种苗的企业为例，年产量超过500万株的企业虽有两三家，但优质种苗率仅50％，产业化程度低，生产企业多，生产技术水平参差不齐。此外，专业化、规模化生产单一花卉种苗的企业较为缺乏。
　　四、设施设备落后在种苗组培阶段，云南许多企业还是沿用老的设施、设备，且在组培苗炼苗阶段和扦插苗扩繁过程中，个体育苗商依旧使用腐殖土和简易竹棚生产。虽然部分育种商改用较为高档的钢架大棚，基质也换成了腐殖土和珍珠岩的混合土进行扩繁，但无土扦插繁育技术仅有个别企业使用。业内人士认为，云南的种苗产业要跟上现代花卉产业发展步伐，实现工厂化和集约化生产，在不断提高组培技术、扦插繁育技术等的基础上，必须在设施、设备更新以及基质、种源等生产资料方面进行改进。