选择育种是花卉育种的基本方法，简便易行、容易掌握。选择育种简单地说就是“选优去劣”，亦即平时所称的选种。选择育种，在生产实践中被广泛地应用于农作物、家禽家畜、果树蔬菜和花卉的良种繁育方面，卓有成效，是发展生产提高产品数量和质量的重要技术措施。尽管选择育种主要注重表现型，即花卉的外部形态以及有关特性，未能顾及基因型也就是花卉植株体内的遗传基础，但通过选择，有目的地淘汰了不良的变异，保留了有利的变异，使花卉诸多形态指标朝着对人类有利的方向发展。 选择育种的方法很多，这里仅介绍单株选择法和混合选择法两种。现用种子播种繁殖的一二年生花卉为例，加以叙述。如果需要选择花朵为重瓣型、色彩金黄、花序长、茎粗的百日草时，则经过观察、测量、手触等感官评价，将符合要求的优良单株挂上标牌或作编号，即为选中的单株。待种子成熟后及时采收种子并妥善保存，作为下年度栽培百日草的种源（繁殖材料）。如此年复一年地进行单株选择育种，便可以获得符合要求且遗传性状比较稳定的优良花卉品系，保持植株旺盛的生活力，防止发生退化现象。 混合选择法是根据育种目标的要求，对花卉植株的形态特征和经济性状进行观察、测定，在同一原始种群或品种中选出彼此类似的优良单株，将这些优良单株的种子，或鳞茎、根茎、球茎、块茎、块根以及插条等繁殖材料同时栽种在园地里，次年再用标准品种的外部性状与它们进行比较、鉴定，然后又选出许多优良花卉植株，将其种子、球根或插条混合在一起作为下年繁殖用。混合选择法可以迅速地从混杂的原始群体中选取优良的栽培类型，且能获得比较多的种子或球根、插穗（条）等繁殖材料，保持原有的优良的种性，不至于发生退化。例如选择花梗长、花色鲜艳的凤仙花作为育种目标，就要在留种园的凤仙花圃内在开花期选取花色鲜红且花梗粗长的众多单株，挂上标牌或作出标记，届时采收这些花卉植株的种子混合后作为繁殖材料；第二年播种育苗、定植养护，当凤仙花进入开花期后再次按育种目标的要求进行如此的选择育种，又获得众多优良植株的种子，又一次作为繁殖材料。如此年复一年地开展混合选择，必将达到育种的目标，使花卉茁壮地生长、开花，避免混杂和退化，始终保持所要求的优良性状。