最早在公元8世纪的中国唐朝开元年间，即日本奈良时代圣武天皇在位期间(公元724——749年)，牡丹便传入日本，据说是由高僧空海带去的，因此日本的牡丹栽培已有近1300年的历史了。牡丹传入日本约100年后，在古籍中被称为“Bhotan”，后来才在一份园艺资料中被称为“Botan”，并一直保持至今。起初牡丹大多在寺庙和达官显贵的苑囿中栽植，到德川时代才扩散到民间。尽管很受人们喜爱，然而，很长时间以来，药用价值仍是牡丹在日本不断扩散、发展的主要原动力，相比之下观赏价值倒处于次要地位。 明朝中期即16世纪前后，由于中日交流不断加深，大量的牡丹品种和丰富的牡丹文化不断输入日本，牡丹作为繁荣昌盛象征的“富贵花”被日本人民所接受。在江户时代(1600至1867年)中期，日本开始了以提高观赏价值为主要目的的品种改良工作，标志着牡丹在日本进入以观赏栽培为主的新阶段，走上“日本式”的发展道路。所谓品种改良，实际上就是收集中国牡丹的种子播种，再从实生苗中选育新品种的过程。所不同的是，这种选育是以日本的传统审美观为基础的，结果培育出了许多适应日本风土和爱好的新品种，形成了一个特征明显的品种群——“日本牡丹”。日本牡丹多为半重瓣或单瓣品种，即使有少数重瓣品种，也具有外露的正常雌、雄蕊。此外，它们色彩鲜艳，线条优美，而且花头直立，不叶里藏花，因而被划为是有别于中国和欧洲牡丹的一个特殊品种群。 据1681年日本古书《花坛纲目》记载，当时日本有牡丹品种41个，1695年《花坛地锦抄》载白花品种131，红花168，筑前牡丹138种，可见300年前日本已有大量牡丹品种。大约在1700年前后，日本园艺家作了系统总结，对促进牡丹发展产生了重要影响。到了文政年间(1818至1829年)，日本牡丹发展进入最繁盛阶段，江户(现东京)开辟了许多著名牡丹园。进入明治时代(1868年)后，日本牡丹栽培作为一种生产性园艺发展起来，在大阪的池田，兵库的宝冢，新 舄的信浓川和阿贺野川流域以及岛根的大根岛等地相继出现了牡丹苗圃，在20世纪开始前后，便向欧美大量出口。二次世界大战期间，日本牡丹生产和出口曾一度中止，品种丢失十分严重，但现在已经完全恢复，每年大约生产200万株商品苗，其中10%以上销往美国。目前，日本最大的生产基地在岛根县，栽种面积60公顷，每年生产幼苗135万，产值2.16亿日元。其次是新舄县，面积15公顷，幼苗57万株，产值5000万日元。据梁井孝熙《牡丹和芍药》一书介绍，日本现在栽培品种312个，其中日本牡丹211种；1983年《最新园艺大辞典》记载着190个品种，另外还有15个寒牡丹品种，11个欧洲品种和13个中国品种；最新的《现代日本的牡丹和芍药》收入目前日本栽培的品种共306个。可以断定，现在日本共有牡丹约300个品种，其中约200个为日本牡丹。 在日本牡丹中有一个特殊品种类型——寒牡丹，指那些不需要特殊管理，就能于冬季在露地开花的品种。早在元禄年间的《衣谱》(1694年)和《立华训蒙图记》中就有记载，现有十多个品种。它是日本特有的，为我们培育不同花期的新品种，以便将来使牡丹能够四季开花提供了启示。此外，日本著名育种家伊藤在50至60年代用法国黄牡丹与白芍药杂交获得成功，为牡丹育种开辟了一条新途径。现在，伊藤杂种牡丹已经成了一个特殊的系列品种群，其中的一些品种已在全球广为流传，如金晃，全帝，金冠等。