许多东方百合的种球在低温储存时经常会由于“芽体褐化”而蒙受相当大的损失，该现象是由于种球内部的芽体受到严重冻害而引起的，芽体损伤后继而变黑褐色。芽体褐化引起的经济损失已经成了一个普遍的现象，值得引起种植者的注意。
　　荷兰的百合专家与植物应用研究学会的合作研究表明：百合芽体褐化的发生与种球收获前和储存阶段（冷冻前）的土壤温度密切相关。在经历过一段低温后，土壤温度升高，便可能会引起百合芽体褐化，从而造成经济损失。这一现象在植物生理学上的解释为：秋季较低的土壤温度会逐渐打破芽体的休眠，此时温度若有上升（即使只有5℃至8℃），百合鳞片内部的芽体也会萌发，在这一阶段一旦发生便不能停止，若以后再进行低温冷冻便会导致芽体褐化。
　　在VWS出口公司进行的试验中发现，如果在1月中旬，东方百合的种球运到后马上进行冷冻，到8月份在温室中进行生产时则不会有芽体褐化情况的发生。若在冷冻前使种球在2℃的条件下储存3周，等到8月份种植时只有很少的一部分种球发生芽体褐化。而冷冻前若温度条件为10℃至12℃，则种球会全军覆没，全部会发生芽体褐化。这些结论也印证了在低温储存时，若温度短暂升高后再进行冷冻，百合种球芽体便会发生褐化。
　　在该试验中我们也可以认识到：东方百合的种球收获后最好马上进行冷冻。若种球在冷冻前必须储存一段时间或运送到其他地方，则应尽量将温度控制在0℃左右。为了检验某一批百合种球是否对芽体褐化敏感，植物应用研究学会发明了一种方法用来检测：在种球收获后、冷冻前，将百合种球的芽体磨碎，取其汁液检测破坏力指数（破坏力指数与芽体中糖的含量相关，因为糖为一种抗冻剂）。
　　当糖的含量升高时种球可以安全地进行冷冻程序（需要重复多次试验）；相反，如果糖的含量下降，则说明休眠被打破，芽体已经开始萌发，此时再进行冷冻的程序会使种球受害的几率增加。