在决定使用普通木材还是防腐木材时，应综合考虑成本，既要考虑建造时的购置成本，也要考虑使用过程中维修、维护、更换的成本。
　　例如，建筑桁架通常处于封闭条件下，不便于日常检查木材腐朽、虫蛀状况，一旦木材发生损坏，其维修、更换成本会很大。再如，用于水泥或砖石基础上的木材，由于其是桥梁、房屋等建筑构件的一部分，建造完成后，很难检查木材的防腐虫蛀状况，而一旦出现问题，需要更换，则可能需要将建筑的大部分结构拆掉，如此一来，更换成本也将非常惊人。
　　木材在户外或景观中使用，如制作成户外家具、地板、步道、栅栏等，若选择天然耐久性很好、使用寿命达25年的某些热带阔叶木（有时候也称硬木），不经过防腐处理，也未尝不可。但其价格可能比较昂贵，而且数量极其有限。因此，使用防腐木材是一种比较理想的选择。
　　用天然耐腐木材，如红雪松、柏木等的心材制作的木构件、木制品，一般可在具备半保护条件下应用，比如作为建筑侧板使用。此外，还可制成户外家具。
　　大多数木材或木制品用户，之所以使用防腐木材，还有一个重要原因是防腐处理可以有效降低木结构或木材部件的维护费用。也就是说，使用防腐木材，具有经济性。
　　美国曾经对使用防腐木材的经济性做过详细研究，并开发了数学计算模型，包括木材的使用寿命、更换木材的成本、防腐处理的成本等指标，这对选择普通木材还是防腐木材提供了定量的科学依据。
　　更换木材构件、部件或产品需要支付材料成本、运输成本、人工成本。如果更换木材需临时拆掉部分建筑或设施，更换后再复原，则人工成本会更高。除此之外，还包括一些间接成本，如公共设施和公共建筑临时停止提供服务造成的收入损失。
　　木材防腐处理的必要性，不仅与木材使用的生物危害程度与等级相关，也与木结构、木构件、部件等的安全性要求的高低、经济适用性等密切相关。木材防腐处理会增加一定的额外成本，使用天然耐久性高的木材，也会增加一定的额外成本。对于额外成本（一次成本），可与木材构件或结构损坏导致的维修成本（二次成本）进行比较，并作出适当的选择和平衡。
　　如果某种用途，不需要木材具备很长的使用寿命，或者更换材料很便宜，则无需使用防腐木材。而除此以外的用途，或腐朽、虫蛀导致木材损坏后，木制品、木结构的完整性将受到破坏，或很难维修，或维修成本很高，或将对使用者造成生命威胁，则应选用防腐木材。