资源收集问题。稀有乡土植物种群的保护及种质资源的收集，是目前我国乡土植物应用中问题最为重要的一环。
　　稀有植物具有对环境要求严格、生态适应性狭窄、繁殖能力偏低、无性繁殖困难等特性，再加之人为的破坏，其生存环境日趋恶化，自然分布种群越来越少。因此，凡属于这类的稀有资源种，在没有充分把握其栽培与繁殖习性前，均不可轻易从野外采挖，否则极易招致对稀有资源的破坏。
　　最好的办法是，等天然种子成熟后，从采收种子，研究其种子发芽条件、幼苗生长环境开始，探索其生物学特性，从而获取最为宝贵的资料。为今后大面积地引种，积累宝贵的经验。
　　外来物种的引进与周围环境。将北方地区特别耐寒、耐旱的植物种类引入栽培条件较好的环境时，要特别关注因环境条件改善而使其生殖能力极度增强的变化，此类植物一经引入，便迅速蔓延，将周边的植物“吞食”掉。例如，近年来曾将沙荒地上的野生禾本科赖草引入园圃地栽培，这种草的地上茎叶呈粉蓝绿色，具有一定的观赏效果。但该种草具有极发达的根状茎，仅试种两年，不足一平方米的试验地内其根茎就已经扩张到8平方米，使周围的鸢尾、宿根福禄考、扁叶葱等植物全被染成了这种赖草的颜色，被这些高40厘米至50厘米的草丛所取代。
　　自然环境中人工新增物种的问题。一般情况下，自然环境中已分布有各种不同的乡土植物，为提高景观效果，以人工的方法增减某些物种或调整其种群优势时，一定要慎重。应详细调查、统计、分析其种群的变化趋势，适时扶持、调整不同的强、弱势比例，尽量获取稳定优良的种群结构。特别需要指出的是，草本植物种群的优、劣势态转化甚至消亡演变格外迅速，这既是自然景区能得到四季常绿、三季有花的根本原因，又为景区的管理者提出了一项群落管理的课题。有关人员需要在工作中仔细关注不同季节各物种的生长情况，施以合理的技术措施，达到理想的景观效果。
　　播种种子用量问题。在种植地块上播种乡土植物时，种子的用量需要认真考虑。种子用量过大，既浪费又使苗株过密，造成生长不良，甚至招来严重的病虫害，波及周围环境；用种量过少，又难以达到预期效果。合理用种量需要考虑植物群落类型、各种类植物习性、繁殖特点以及种子大小、发芽率等多种因素。还应根据不同的播种时间、不同的外部条件作出相应的调整。