日本是亚洲最早实行植物新品种保护制度的国家。在1947年公布的《种苗法》中,首次确立了品种注册登记制度,对植物新品种实施保护。但在当时只有品质优良的品种才能被纳入注册保护范围,保护的期限也较短,限定在3年～10年。此外,主要的粮食作物,如水稻、小麦、大麦和大豆等都被排除在保护范围之外。

　　随着植物新品种培育和种子国际贸易的发展,这一制度的局限性越来越明显。于是,农林水产省决定建立一套与公约一致的植物新品种保护体系,该议案于1978年在国会通过。

　　1991年,日本开始讨论修订《种苗法》,加强对育种者权利的保护。同时,提出了在植物新品种保护制度中引入农民特权的议案。1998年5月,日本政府向国会提交的《种苗法》修订草案被批准通过。

　　1998年以前,日本的植物新品种登录保护由农林水产省园艺局的种苗科负责,新《种苗法》实施后,这一职能移交给农林水产省生产局的种苗科。种苗科下设规划班(负责有关规划的制定和法令的起草)、国际班(负责有关谈判和执行等)、审查运营班(负责植物品种登录审查标准的制定)、审查官(负责植物品种登录的审查)、品种登录班(负责植物品种的申请、登录及登录品种的保护)、种苗产业班和种苗管理班(负责对种苗的生产、流通和消费的管理)。另外,为新品种特性审查而进行的栽培试验,一般由独立行政法人种苗管理中心承担。

　　新的植物新品种保护制度包括:先申请者优先制度、拒绝理由通知制度、申请公示制度、新品种权延伸制度、新品种权例外制度等。

　　1978年以来,日本每年的植物新品种申请和授权件数几乎是以直线上升的,分别从1979年的103件和47件,增加到2001年的1157件和1210件。由于申请手续的变化,2002年的申请和授权件数稍有下降,但仍分别保持在1002件和1119件的较高水平。截至2003年3月,累计申请数量为15573件,累计授权数量达11355件。

　　从授权的植物品种来看,花草类最多,占50%左右;其次是观赏树,占15%左右;以下依次为蔬菜(约10%)、果树(约10%)、粮食作物(约8%)、蘑菇类(约3%)、饲料作物和工艺作物(约1.5%)、林木、桑树和海草均在1%以下。

　　在申请人中,非公共部门占绝大多数,其中种子公司约占申请总量的48%;其次是个人,接近申请总量的30%;食品公司和农协分别占7%和2%;中央和地方两级公共机构的申请量分别只有4%和9%。

　　进入21世纪以来,随着日本“知识产权立国战略”的实施,农林水产省生产局按照“战略推进计划”的要求,对植物新品种保护制度进行了一系列的改革,核心问题是缩短审查时间和强化保护措施。

　　在缩短审查时间方面,一是从2003年开始实现了申请、审查、公示、通知等手续的网络化;二是加强了栽培试验机构(种苗管理中心)的能力建设,提高了审查效率,力争到2005年将平均审查时间缩短到3年。

　　在强化保护措施方面,一是从2003年开始,将以登录品种的收获材料为原料的加工品纳入新品种权的范畴;二是为加快侵权判定速度,进一步加强DNA识别技术的开发和应用;三是在种苗管理中心新增加为新品种权人等开展品种类似性试验(包括比较栽培试验和DNA分析)的委托服务,从技术上支持对侵权的判定;四是就农民特权的范围等开展国际动向调查,在此基础上进行必要的法律修改。