近年来，黑龙江省对可建保护区的区域科学规划，按物种分布、流域规划布局建立保护区。从2001年至今，国家、省投入用于保护区建设和湿地恢复项目的资金已累计超过1亿元。截至目前，黑龙江省已建立自然保护区171处，保护区总面积达到530万公顷，预计未来三至五年，黑龙江流域和松花江流域将全部被各种保护区所覆盖。

    为解决保护区建立过程中的规划不科学、布局不合理、整体效能差的问题，近年来，黑龙江省林业部门在规划、建立自然保护区时，充分考虑物种分布和流域规划，布局保护区，对分布在全省的珍稀濒危野生动植物资源全方位科学保护。根据乌苏里江我国沿岸湿地中包括三江平原东北部湿地、七虎林河和阿布沁河湿地、穆棱河下游和虎口湿地、兴凯湖湿地等多块湿地的实际情况，黑龙江省在该流域兴建了兴凯湖和三江两处国家级自然保护区以及虎口、月牙湖、珍宝岛、东方红、大佳河、乌苏里江6处省级自然保护区，8处保护区总面积达57万公顷，基本覆盖了乌苏里江我国沿岸的流域。此外，在乌裕尔河流域的湿地保护则以扎龙国家级自然保护区为中心，并在乌裕尔河中段建立乌裕尔河自然保护区，在扎龙保护区下游建立连环湖自然保护区，在源头的北安市和通北林业局规划建立两处森林湿地保护区，5处保护区总面积达到45万公顷，基本覆盖了乌裕尔河流域，很多珍稀濒危野生动植物资源也得到了有效的保护。扎龙、兴凯湖、红河、七星河、挠力河等保护区的建立，使95%以上的野生丹顶鹤种群得到了有效的保护。据科研人员统计，20年来，扎龙自然保护区内的野生丹顶鹤数量增长了一倍。

    为提高管理人员的业务素质，黑龙江省采取多种方法开展业务培训，如通过开展国际合作学习国外先进管理经验和技术，积极引进专业人才等，一些保护区还与专业院所建立长期合作关系，科研单位将保护区作为试验基地，而保护区则可以借助于专业院所的科技力量开展课题，双方做到科研成果共享。

    几年来积极抢建自然保护区使黑龙江省受保护面积迅速扩大，截至目前，全省保护区总面积达到530万公顷，占全省国土面积的11.5%%，其中国家级14个，省部级45个，市县级112个。根据林业部门的规划，未来3年，黑龙江省还计划在松花江流域建立12处保护区；在黑龙江流域利用5年时间将建立6处保护区，通过这些保护区的建立，使松花江、黑龙江流域得到有效而全面的保护。