植物品种保护对发展中国家农业经济及贸易的发展具有重要意义。植物品种保护也是农业领域里与贸易相关的知识产权协议(TRIPS)的重要组成部分。日本作为一个发达国家在植物品种保护方面有一套系统的作法。

    日本有关植物品种保护和促进植物育种的政策已通过1978年颁布的《种子法》而实施。日本是植物新品种保护国际联盟成员国。1982年以来直至近期，日本政府多次修改《种子法》，使之与植物新品种保护国际联盟(UPOV)法案一致。近年来，日本品种保护的申请与注册数量逐年增加，表明日本的植物育种得到了进一步发展。

    在日本所有的栽培植物，包括蕨类植物、苔藓和多细胞藻类均受保护。

    由于《种子法》的颁布，植物品种权申请与注册的数量稳定增加。1980年，申请数量仅为139件，而1998年增加到1034件。到2000年末，申请总数为13，389件。注册数量的增加超过了同期水平，从1980年的51件增加到1998年的1017件。到2000年末，注册的总数为8627件。特别是观赏植物的申请量已经显著地增加，这些数据表明日本花卉贸易的繁荣。

    对1999年申请的分类表明，种子公司的申请量第一（54%），个人申请第二（22%），公有部门（国家与地方政府）约占13%。种子公司申请量已经激剧地增加，而公有部门的申请数量却没有显著的增加。

    农林水产省种子种苗课负责执行品种保护制度。1999年4月1日种子种苗课组建了植物品种审查办公室。办公室的审查员对申请品种的名称、DUS和新颖性进行审查。而品种权申请的受理和解释、费用的收取、公报中信息的公布这类行政操作，则由种子种苗课注册部负责。

    日本的参照品种保藏在国家种子种苗中心（NCSS）及其DUS试验站。保藏在总部的种子植物品种1094个（其中蔬菜品种644个，观赏品种450个）、蘑菇品种64个。无性繁殖植物品种596个，主要为观赏植物，保藏在8个试验站。无性繁殖植物的参照品种主要为市场上不能随意得到或从育种家与市场上获得较为困难的品种，以及DUS测试中使用相当频繁的品种。因为预算有限，所以要求对它们进行保藏和繁殖。

    申请品种需通过栽培试验，栽培试验由国家种子种苗中心（NCSS）全面负责。农林水产省种子种苗课以日本植物育种家权利保护制度为依据，根据国家测试指南进行DUS测试。目前为止，已经制定完成了330种植物的测试指南。

    植物育种者权利申请程序如下：任何希望申请育种者权利的人应该根据规定向农林水产省递交申请（种子种苗课受理申请）。

    （1）品种登记的申请人的姓名和居住地址；

    （2）申请品种所属的植物属或种；

    （3）申请品种的名称；

    （4）申请品种培育人的姓名和居住地址；

    （5）除国家政府以外的申请人应该缴纳申请费（47，200日元）。

    注明：DUS：独特性（Distingctness）、同质性（Uniformity）及稳定性（Stability）。