规划分两期，建设16个园区规划建设3条综合游览线路和1条专项游览线

    由于植物园面积大，建设投入多，必须从实际出发，远近期结合，便于分期开发建设，兼顾环境、社会经济效益。规划分两期建设，近期建设在2010年完成，远期建设在2020年完成。

    近期的规划建设目标，包括完成一级车行道、二级车行道、步游道、停车场、入口管理服务区建设等基础设施建设，重点建设引种驯化区及植物展示区的主要植物专类园（闽台植物园、南洋植物区、盆景园、水生植物区、药用植物园、草本花卉园、藤本植物区、茶园）；同时，有效联结西侧俞大猷公园和东侧仙公山森林公园，形成带状生态保护区。

    远期建设将采用高新技术、现代化设施建设实验苗圃区并完善各功能分区。按规划完成其他植物专类园（刺桐园、灌木彩叶植物区、大花乔木区、岩生植物区、竹类植物区、果木园）建设。生态保育区完成林相改造并形成良好生态景观。

    因地制宜规划十六园

    引种驯化区：植物引种驯化的基本任务之一是通过引进其他地区的植物品种，经隔离试种、驯化，采用高新技术对有价值的材料进行快速繁殖并推广到生产部门。通过引种驯化，培育出观赏植物和园林植物的新品种，为城市绿化提供新的植栽品种，提高城市绿化和美化的品位和档次，为城市建设做出贡献。

    实验苗圃区：将引种驯化选育出的新品种在实验苗圃地进行栽培实验，总结栽培经验。本区还可通过种子和无性繁殖、组织培养等生物技术，对珍稀濒危植物进行保护性开发利用。

    生态保育区：对山体林相进行相应改造，丰富色彩变化，形成群落型景山林。严禁采石，对林中的采石坑需恢复植被，形成水土保持良好的山林生态。

    闽台植物区：闽台两地植物区系的相识性程度很高，植物园设闽台植物区，可以显示闽台绿地植被的地带性特征，挖掘地带性南亚热带园林植物资源。本区展示台湾、金门适种于泉州的植物为主。

    南洋植物区：本区以棕榈科植物具热带风情，有很高的观赏价值。广布世界热带、亚热带地区种类达3000余种，有乔木，也有灌木及藤本类型。

    盆景区：盆景园内设赏石馆，陈列赏石及岩石标本，也可结合裸露岩石种植岩生植物，布置成天然大盆景。

    水生植物区：水生植物园是根据植物在不同环境下的生长特征及其对水动、静、深、浅的不同要求，进行科学合理的配置而形成的园林景观。

    竹类植物区：规划收集多品种竹子，选择南坡地形，形成一定规模的竹海。

    灌木、彩叶植物区：收集多品种灌木，形成色彩斑斓的植物景观。

    萌生植物区：萌生植物主要指虽阳光不足也能正常生长的绿色植物。

    大花乔木区：大花乔木是园林绿化的重要品种，很值得研究和推广应用。

    岩生植物区：根据园区的一些自然岩石，在其旁配植各种适合泉州生长的岩生植物。

    药用植物园：即百草园，培植药用植物，让中医药学发扬光大。可根据植物的习性，因地制宜依山就势种植各种药用植物。

    草本花卉园：本区含切花生产示范及草本花卉展示部分。

    刺桐园：本专类园收集各种刺桐属植物。

    茶园：泉州茶文化早已名满天下。结合自然山势地形规划茶园，形成层层梯田的茶园风景。

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