云南省财政给予花农合作经济组织的扶持有力地促进了其健康、稳步发展，花卉产品质量有所提高，销售渠道得到拓展，花农的经济收入明显增加。截至目前，云南省共有各类性质的花农合作经济组织115个。昆明市的39个合作经济组织，涉及农户约7600户，种植花卉面积3.2万余亩，占昆明市花卉总面积的34.8%；玉溪市19个合作经济组织，涉及花农约2000人，约占玉溪市花农总人数的40%，种植花卉面积5586亩，占玉溪市总面积的46.5%，年产鲜切花3.1亿支，占玉溪市鲜花总产量的52%，花卉总产值1.34亿元，占玉溪市总产值的42%，出口额260万美元，占玉溪市总出口额的60%。到2006年初，云南省花卉产业联合会从财政专项资金中共划拨200余万元用于扶持花农合作经济组织，以改善生产设施、引进新品种、繁育优质种球（种苗）和建设花卉信息服务系统。
　　在2003年底至2004年初，斗南镇一些经验丰富的花农便自发组织起来，形成合力共同闯市场，花农合作经济组织这种新兴的组织正式产生。2004年3月，云南省花卉产业联合会成立调研组进行了深入、细致的调查和研究，撰写了《关于云南省花农合作经济组织发展情况的调查报告》。报告上报省政府后，孔垂柱副省长作了重要批示：望省花产联和有关市县政府因势利导，加强扶持和引导，逐步实现花卉产业向规模化种植、基地化建设、产业化发展、市场化运作的转变。
　　2004年7月，云南省财政厅、云南省农业厅和云南省花产联共同制定并联合下发《云南省财政支持农民专业经济组织项目资金管理暂行办法》的139号文件。从2004年起，每年从财政专项资金中划拨一定比例的引导性、补足性资金，扶持花农合作经济组织建设，规范合作组织项目资金管理，促进其做好、做大、做强。
　　在2004年至2005年期间，玉溪市花卉产业联合会、通海县人民政府、通海县农业局及其相关部门对运作较好的合作组织进行扶持和补贴，每年的补贴资金约40万元，用于改善合作社生产用的水、电、道路、采后处理车间、运输车辆、信息系统等设施。目前，玉溪花农合作经济组织运行良好，达到了“有章程、有地点、有活动、有实效、有目标”的“五有”效果，通海十街玫瑰专业合作社等合作组织实行的“五统一”（统一钢架大棚———滴灌———熏蒸设施、统一品种布局、统一种植管理技术、统一采后处理、统一品牌销售）生产模式，以及“三分开”（分户投资、分户管理、分户兑税货款）的财务管理模式，受到了花农的欢迎和政府的肯定，合作社呈现出生机勃勃的发展态势。在此基础上，通海县人民政府又出台了《通海县人民政府关于2006年农业扶持政策的通知》的1号文件。从2006年起，通海县人民政府对每个新组建的农村专业合作经济组织给予1万元的补助。
　　近两年来，作为花卉主产区和交易、物流中心的昆明市，云南省有关部门及当地政府也非常重视花农合作经济组织的发展，每年都给予扶持和引导。昆明市晋宁县中和乡为解决花农合作经济组织花农资金投入不足的实际，乡党委、政府出面到当地的信用社为花农协调、担保贷款，共为花农担保贷款350万元；各级政府支持乡花卉协会组织开展培训、外出考察等活动，花农的种植水平有了较大的提高，农民的思想观念得到了很大的改变。
　　通过3年的探索，以花卉重点企业为依托的花农合作经济组织在管理和运作上日渐成熟，以小型花农合作经济组织为基础的“花农大联合体”也开始形成。“公司＋基地＋组织（协会）”的生产、贸易型组织模式效果显著。它主要是利用花卉产地离斗南花卉市场较远、花农运输和销售成本高以及当地土地和劳动力成本偏低的特点，依托公司的技术力量、销售网络等资源，取得当地有关部门的支持后以协会的形式产生，其主要目的是把分散的农民组织起来，采用公司统一的种植标准种植花卉，统一品牌销售，最终提高花卉产业的组织化、专业化和产业化生产。
　　另一种模式是花卉专业协会。主要产生于花卉种植较为集中的县、乡，在当地政府及有关部门的指导下成立，主要的作用是为当地的花农提供信息咨询、技术指导和培训服务，引导当地的花卉产业发展。近年来，协会的功能和作用得到了延伸，在引导花农闯市场、打造品牌等方面有较大的突破，以花卉协会为基础的“花农大联合体”在部分产区开始显露雏形。