1974年的圣诞前夜，飓风席卷了达尔文市，使达尔文植物园中78%的树木和灌木遭到了毁灭性破坏，园中的苗圃和温室荡然无存。而再向前追溯达尔文植物园的历史，竟也是多灾多难。它先后经历了1897年和1937年的特大飓风，1902年的毁灭性大火，在二战期间还遭到了日军炮火的轰炸。如今这些灾难留下的痕迹已经被渐渐磨平了。

达尔文的气候是有助于重建植物园的有利条件之一。这里基本属于季风气候，植物生长最茂盛的时期集中在每年的10月到次年的5月，而这段时间也正好是降水最集中的阶段。

最初植物园占地面积为80英亩。遭受1974年的飓风袭击之后，更多的雨林植物、湿地和沙漠植物以及可以制造生态小环境的泻湖加入了植物园的阵营，使面积达到了如今的98.8英亩。

1869年，达尔文港在建立之初，极其需要懂得园艺学和植物学的专家来这里种植各种作物和蔬菜，来维持港口的生存。很快一座政府管辖的蔬菜园就已经建成了。当时的第一位园丁，弗雷德先生带来了西红柿、黄瓜、菜豆和南瓜的种子，随后陆续有加盟的有来自布里斯班的树薯、叶子、橡胶和甘蔗等作物。

随着食物和经济作物的逐渐丰富，建立一个为公众提供休闲服务的植物园的呼声日趋热烈。正好在同一时期，后来成为植物园的第一位园长莫瑞斯博士和家人从德国移民来到了这里，他是位植物学家，也是植物园的创始者。在莫瑞斯博士的指挥下，植物园的工作进展很快。

莫瑞斯博士和他手下的17名工人移植了237棵成年树木，其中只有17棵树木没有成活。在来年植物园的报告中，莫瑞斯博士自信地写道：“植物园的各项设计都已经初具规模，很快就可以向人们展示它的不同凡响。”除此以外，莫瑞斯博士还在园中种植大量的观赏树种，并且这些树种的种子都可以免费送给感兴趣的游客，这一做法大大鼓励了普通市民的植树热情，如今在达尔文郊区茂盛的植被覆盖率和当时植物园的“免费树种”密切相关。

由于经常有飓风在达尔文登陆，所以能抗飓风袭击的树木成为了植物园的首选。这里的很多树是来自热带地区，也有一些是当地的品种，同样具有重要的经济价值。在植物园主路的旁边，游客们可以见到高大的缅甸黄檀，还有来自印度的山毛榉和藤蔓植物。另外值得一提的是这里还有一种在拉丁语中被称为‘生命之树’的树，它是世界上木质最重的一种树，在旱季开蓝色的花。

现在植物园依然是达尔文最重要的景观。如今植物园中的林荫大道或蜿蜒小径仍旧保持了当年的原貌，高大挺拔的树木形成了遮天的绿茵，袖珍小巧的树种点缀在洒满阳光的草坪上，好像一些跳跃音符版生动灵活。这些令人愉悦的感觉在游客们刚一进入植物园大门的时候就可以感受到。尽管它在植物学研究方面的力度没有其他州的植物园那么大，但是这里对于每一株植物的分类详细程度却是无人能及的。随着对于植物园的详细普查，越来越多有关创始时期的证据陆续被发现，例如1986年无意中发掘的一块圆形镶嵌有贝壳的岩石，后被证实是当时的植物园的一块奠基石。除此以外，还发现了一些当时的地下水系统和废弃的井口。这些都为我们了解当时的情况提供了很好的说明。至今，人们仍然对莫瑞斯博士的早期设计赞不绝口，虽然植物园的变化可以说是日新月异，而且越来越多的品种不断增加进来，但是莫瑞斯博士的设计风格一直被保留了下来，成为了植物园的一项重要无形资本。