随着城市湖泊水体富营养化现象的日益严重，水藻已成为水质净化的一大问题。常见的除藻方法有物理方法、化学方法、生物方法以及曝气法等，下面将这几种方法一一介绍。
　　物理方法
　　物理方法中又分为机械捞藻法、挖泥法、换水法以及过滤法等。
　　一、机械捞藻法
　　在大规模除藻前适当捞藻清理水面是必要的。但实践证明，这种方法无法作为主要的应急治理措施，主要原因有以下3点：
　　1.水体中能捞取出的藻量微乎其微，与投入成本相比收效甚微。它减少藻类的数量小到可以忽略不计的程度。
　　2.捞藻的速度远远比不上藻类的生长速度。
　　3.大量浪费资金。用捞藻法花费大量人力物力，开支十分巨大。
　　二、挖泥法
　　挖泥搬走了湖底中部分污染物，似乎会使底部污染物总量有所减少，但实际上湖水中污染物浓度下降甚微，且湖泊越大，下降越小。即使暂时略有下降，过不多久仍将会复原。因为沉积物表层中可溶性物质只在沉积初期向水中较多地释放，但很快就会达到平衡，而表层以下物质逐渐会压实固结，释放甚微。故底部对水质影响会越来越小。
　　三、换水法
　　换水法是指通过把污水引走，另外引来新的水源，从而达到除藻的目的。这种做法虽然暂时缓解了水体的污染，但治标不治本，浪费水资源，而且是对污染的转嫁。
　　四、过滤法
　　滤网除藻效率显著，但除浊、除色、除耗氧量较差。且长时间使用滤网过滤，滤网需经常拆洗，频繁的拆装机器，不仅耗费人力，还容易把机器损坏，减少机器的使用寿命。
　　化学方法
　　目前市场上流行的化学方法除藻主要以次氯酸钠、硫酸铜方法为主。在用量得当的情况下，化学试剂对水体中藻类的去除效果很明显，但化学试剂的使用不仅与水体体积有关，还与使用时的气候、藻类的抗药性等密切相关，稍不注意，就有可能造成水中其他生物的大量死亡和水体的二次污染。
　　生物方法
　　生物方法是指利用水生生物吸收利用氮、磷元素进行代谢活动这一自然过程达到除藻的方法。它的最大特点是投资小，有利于建立合理的水生生态循环。
　　利用养鱼去除氮、磷，也是一项化“害”为利的有效措施。各种不同的鱼类有着不同的食性，利用鱼类的食性不同，放养以浮游藻类为食的鱼种，就能够达到去除湖泊氮、磷的目的。可达到既促进渔业生产，又净化水质的双重目的。
　　曝气法
　　曝气法是利用特殊设备，向水里释放氧气，增加水中溶解氧。此法效果明显，但耗费高。此外，近几年还不断有国外的技术引入中国，主要有：超声波、紫外线、生物制剂等。