根据中国国际工程咨询公司组织专家进行的退耕还林工程中期评估，尽管我国退耕还林工程取得了明显进展，但在具体工作中仍存在七个方面的主要问题亟待解决。
　　一是规划滞后、战线过长、重点不够突出。到2003年底，退耕还林工程本应完成规划数的一半，但由于前期工作不足，退耕还林总体规模和总体规划尚未被最终确定，各省（区、市）的规模及规划也难以制定；25度以上坡耕地应是退耕还林的主要对象，主要分布在西部，而目前退耕还林工程却涉及全国25个省（市、区）的1710个县；退耕地实际操作没有具体标准，耕地统计口径不一，再加上退耕还林政策优惠很多，使各地退耕还林工作出现争指标、争退耕，该退的没有退、不该退的却退了等现象。《水土保持法》明确规定，禁止25度以上陡坡地开垦种植农作物，同时，《土地管理法》禁止占用基本农田发展林果业，但一些地方未优先安排25度以上陡坡耕地的退耕，有些地方甚至将基本农田也实行退耕还林。
　　二是退耕还林配套保障措施没有得到彻底落实。多数省（区、市）缺乏退耕还林配套保障措施的规划和计划；工程区大部分地方经济基础薄弱，财政困难，配套保障措施由地方各级政府负责，在资金上有很大困难；目前国家各部门对农村的各项资金投入项目分散，各有要求，也没有重点用到退耕还林地区各项保障措施上。
　　三是干旱、半干旱地区造林乔木过多，初植成活率低。我国干旱、半干旱地区历史上多是草原牧区，干旱缺水、风大以及耕作不当等因素导致当地耕地沙化，理应退耕还草，发展草畜业。但由于退耕还林有8年的补助政策，而还草只补助2年，这些地区退耕还林中灌木林（含灌草间种）和乔木林（含乔草间种）占的比例高，十分不利于农民收入的增加。
　　四是封山绿化没有被列为工程建设内容。封山绿化是中央退耕还林“十六”字方针的重要内容，又是植被恢复见效快、效果好、省钱的好办法，特别是在立地条件差的干旱、半干旱地区和岩溶地区，人工造林成活率低，成本高，生长慢，抗自然灾害和病虫害能力弱，应提倡封山育林。但目前退耕还林工程建设只安排了人工造林，没有安排封山绿化。
　　五是造林种草品种单一，良种率低，对水资源考虑不够，若遇上连续干旱、病虫害及林产品市场等问题，将有一定的风险。
　　六是退耕还林粮食兑现机制与粮食流通市场化不尽适合，退耕还林工程在一定程度上影响了全国粮食产量。
　　七是组织协调不够，退耕地缺乏管理、工程建设责任落实不够。退耕还林工程存在配套保障措施与退耕还林工程脱节，规划与政策不够衔接，部门协调不够，退耕地缺乏管理，工程建设责任不够落实，及前期工作和检查验收工作经费不足等问题。